Nyköpings flygklubb bildades den 29 april 1946 efter att i ett uppstartsskede varit en underavdelning av Östra Sörmlands Flygklubb i 3 år. Klubben startade med en segelflygsektion och en modellflygsektion. Genom att dåvarande direktör Åhlén skänkte en SG 38 och andra firmor bidrog med en bogserbil kunde verksamheten då starta på Skavsta, F11.
Vid styrelsemötet den 27 juni 1946 bildades Motorsektionen. Av Kungliga Väg och Vattenbyggnadsbyrån fick man temporärt tillstånd att använda det civila flygfältet i Stigtomta från 1948.
1952 beslutade Flygvapnet att lägga ner sin segelflygverksamhet och planen fördelades genom KSAK försorg på landets klubbar. NFK fick då en SK12, SE-BWH och ett segelflygplan. BWH hänger nu med beteckningen D-ENAY på Deutsches Museum i München.
1955 fick segelflygsektionen kontrakt på en bygglokal, Östanvägen 4, Nyköping där fortfarande segelflygets serviceverksamhet sker under vintern. 1956 började Motorsektionen skolning med 10 elever på Stigtomtafältet.1957 flyttade Motorsektionen till Brandholmen men skolningen låg kvar på Stigtomtafältet liksom Segelflyget.
1960 skulle Luftfartstyrelsen lägga ner Stigtomtafältet, vilket också skedde den 1oktober 1960. Brandholmen var inget bra segelflygalternativ varför man ansökte att få ha segelflyg på fält 10, Larslundsfältet, vilket Flygvapnet biföll.
Ett ladvärn fick klubben att disponera som hangar. Hangaren på Stigtomtafältet köptes av klubben och flyttades till Brandholmen 1961 till en kostnad av 6000 kr.
1977 skulle Larslundsfältet övergå i Domänverkets ägo för att slussas vidare till plantskolan som odlade omkringliggande mark. Frågan löstes så att segelflygsektionen hyrde marken fram till dess att man 1981 kunde flytta över till F11 på Skavsta och ta hangar 83 i besittning.
1985 var det dags för Brandholmens flygplats att läggas ner då Nyköpings kommun skulle satsa på en kommersiell flygplats på Skavsta. Under 1984 flyttade motorsektionen till Skavsta och hangar 81, till vilken även segelflygsektionen flyttade från hangar 83.
Skavsta behövde sedan mer plats och hela klubbens verksamhet skulle flytta ännu en gång nu till nya lokaler vid början av bana 16. Flytten genomfördes i december 1990 och sedan dess är verksamheten permanent där.